巴氏消毒法也称低温消毒法，它是一种杀死各种病原菌的热处理方法，其对象主要是病原微生物及其他生长态菌。巴氏消毒法是法国科学家巴斯德发明的解决啤酒变酸问题的消毒方法。当时，法国酿酒业面临着一个令人头疼的问题，那就是啤酒在酿出后会变酸，根本无法饮用，而且这种变酸现象还时常发生。巴斯德受人邀请去研究这个问题，经过长时间的观察，他发现使啤酒变酸的罪魁祸首是乳酸杆菌，采取简单的煮沸方法是可以杀死乳酸杆菌的。巴斯德尝试使用不同的温度来杀死乳酸杆菌，而又不会破坏啤酒本身。最后，巴斯德的研究结果是，以 50~60℃的温度加热啤酒半小时，就可以杀死啤酒里的乳酸杆菌，而不必煮沸。这一方法挽救了法国的酿酒业。后来，巴氏消毒法广泛应用于啤酒、食品、药品等多个领域。
巴氏消毒的工作原理是，在一定温度范围内，温度越低，细菌繁殖越慢；温度越高，繁殖越快，但温度太高，细菌就会死亡。不同的细菌有不同的最适生长温度和耐热、耐冷能力。巴氏消毒其实就是利用病原体不是很耐热的特点，用适当的温度和保温时间处理，将其全部杀灭，但经巴氏消毒后仍保存小部分较耐热的细菌或细菌芽抱。因此，巴氏消毒不是“无菌”处理过程。巴氏消毒法的标准工况主要是61.1~62.8℃，30min 或71.7℃，15~30min。目前，该消毒法已得到了广泛的推广，其工作温度和时间也得到了扩展。对制药用水系统而言，巴氏消毒法有两个主要功能:①用于纯化水系统中的活性炭等预处理单元、RO/EDI单元以及储存与分配管网单元的周期性消毒;②用于注射用水系统正常运行时的微生物抑制。
选择巴氏消毒法的制药用水系统须采用不锈钢材质进行安装。纯化水储存与分配系统主要是通过罐体夹套工业蒸汽加热或回路主管网上换热器进行加热升温，因泵会产热以及消毒后需降温，因此可能需要冷却。纯化水储存与分配系统需先加热再冷却，其消毒操作时间相对较长，常采用 80℃以上的热水循环1~2h 来实现该系统的巴氏消毒。采用这一消毒法的纯化水系统，其微生物污染水平通常能有效地控制在低于 50CFU/ml的水平。同时，巴氏消毒法能有效地控制系统的内源性微生物污染，一个预处理能力较好的水系统，细菌内毒素可控制在 5EU/ml的水平。
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